In de "staatloze" tijd na de dood van Ivan de Verschrikkelijke, met de zieke en zwakke Fjodor, begonnen de jongens een openlijke strijd om de macht. De sterkste van hen was de voormalige oprichnik Godunov. Na de dood van Theodore verzamelde patriarch Job een Zemsky Sobor om een nieuwe soeverein te kiezen. De Raad van de Patriarch, de Boyar Doema en dienstmensen en vertegenwoordigers van de commerciële en industriële bevolking van Moskou verzamelden zich bij deze kathedraal. De meest waarschijnlijke kandidaten waren twee personen: de zwager van de tsaar Boris Fyodorovich Godunov en de neef van tsaar Fyodor, de oudste zoon van Nikita Romanovich - Fyodor Nikitich Romanov.
De jaren van Boris Godoenovs regering kwamen op een moeilijk moment in de geschiedenis van de Russische staat. Dit was de periode van 1598 tot 1605. In feite was de toekomstige tsaar al aan de macht onder de zieke zoon van Ivan de Verschrikkelijke, Fjodor.
Het bewind van Boris Godoenov begon dubbelzinnig. In februari 1598 bood de Raad Boris de troon aan, maar hij weigerde. Om hem akkoord te laten gaan, werd er een religieuze processie georganiseerd naar het Maagdenklooster, waar Boris bij zijn zus verbleef. De toekomstige koning moest ermee instemmen de troon te bestijgen. Zo was de verkiezing van Godunov populair. Tegelijkertijd echtermen geloofde dat hij in het geheim zijn toevlucht nam tot bedreigingen en omkoping om dit te bereiken.
Boris was pas op 1 september met het koninkrijk getrouwd, overtuigd van de kracht van de volksverkiezingen. De heerschappij van Boris Godoenov over de gehele lengte werd gekenmerkt door uiterste voorzichtigheid. Hij was bang voor aanslagen op zijn macht, elimineerde alle boyars die hem verdachten. Zijn echte rivaal was alleen Fedor Nikitich Romanov, waardoor alle Romanovs terechtstonden op beschuldiging van samenzwering tegen de soeverein. De jongens hielden niet van de tsaar en beschouwden hem als de opvolger van de Verschrikkelijke met zijn vervolging van de adel.
Het bewind van Boris Godunov was een voortzetting van het beleid van Fjodor, of beter gezegd van wat Godunov onder hem deed. Met alle middelen probeerde hij het welzijn van de mensen te herstellen, geschonden in het tijdperk van Grozny. In het buitenlands beleid probeerde hij botsingen te vermijden, om af te zien van nieuwe oorlogen. Hij gaf om de versterking van het recht, hij wilde een goede soeverein zijn voor het volk. Hij gaf echt veel voordelen aan het gewone volk. Drie jaar op rij, vanaf 1601, was er een misoogst, wat leidde tot massale hongersnood. Boris organiseerde een gratis verdeling van brood aan de hongerigen uit de koninklijke schatkist, begon grote gebouwen in de hoofdstad om mensen inkomen te geven.
Het bewind van Boris Godoenov ging gepaard met hongersnood en roofovervallen, maar dit was niet zijn schuld. Dit droeg echter bij aan de groeiende ontevredenheid met de koning. De hongersnood werd gevolgd door een tweede ongeluk - een volksopstand voor de zelfverklaarde Tsarevich Dmitry. Tijdens deze strijd, BorisGodunov stierf onverwacht (1605).
Godunov hechtte veel belang aan Europees onderwijs. De koning communiceerde met buitenlandse specialisten op het gebied van technologie en geneeskunde en nam ze graag mee naar de openbare dienst. Hij stuurde jongeren naar het buitenland, van plan om Moskouse scholen op een buitenlandse manier te regelen. Hij vormde een militair detachement Duitsers naar buitenlands model. Onder Godoenov was de regering van Moskou duidelijk aangetrokken tot nauwere contacten met het verlichte Westen en de assimilatie van Europese kennis.
Dus de heerschappij van Boris Godoenov wordt door de meeste historici kort beschreven. Velen betwijfelen hoe legaal hij aan de macht kwam, in de overtuiging dat zijn handwerk de moord was op de jongste zoon van de Verschrikkelijke, Tsarevich Dmitry, in Uglich.
